Khắc Huề kết hôn với nghệ sĩ Thúy Nga.[12] Con trai cả của ông là Khắc Quân, một vũ công Nhà hát Nhạc vũ kịch cũng là nghệ sĩ vĩ cầm du học và định cư bên Mỹ.[4] Ông còn có người cháu gọi bằng bác Nguyễn Xinh Xô cùng nhiều những người cháu ruột khác như: Khắc Uyên (nhạc trưởng ở Anh), Sầm Thi ở Mỹ, từng làm giảng viên vĩ cầm tại Nhạc viện Hà Nội.[4] Ông còn người em trai là nghệ sĩ Khắc Hoan, là bố của nữ diễn viên Vi Cầm.[8]